Согласно «Стратегии развития до 2030 года» АОО «Назарбаев Интеллектуальные школы», система воспитательной работы Интеллектуальных школ, направлена на формирование казахстанского патриотизма, гражданской ответственности, воспитание самостоятельной, высоконравственной личности, преданной и заботливой, для работы на благо Республики Казахстан, мира в целом. 

Основными задачами воспитательной работы Интеллектуальных школ является формирование у учащихся понимания и применения нравственных, общечеловеческих и национальных ценностей (честь, достоинство, порядочность, уважение), ответственности за свои поступки и действия, постоянного осмысления жизни, потребности и умений выслушивать и учитывать свое мнение и связывать с мнениями других людей. 

Для улучшения местного сообщества вовлекать учащихся в социальные проекты, погружать в ситуации эмоционального сопереживания людям, казахстанского общества и мира. Развивать исследовательско-творческую деятельность учащихся, как способ развития и построения академической траектории обучения. 

Основными направлениями воспитательной работы Назарбаев Интеллектуальных школ являются: 

 патриотическое воспитание; 

 интеллектуальное развитие; 

 нравственное воспитание; 

 физическое и психическое развитие; 

 поликультурное развитие; 

 художественно-эстетическое развитие; 

 развитие лидерских качеств. 

Образовательные ценности Интеллектуальных школ отражают 7 ценностей общенациональной идеи «Мәңгілік ел». Поэтому главной особенностью организации воспитательной работы является ценностно-ориентированное обучение. Целостность образовательного процесса реализуется посредством ценностно-ориентированного подхода к воспитанию учащихся через формирование ценностей и навыков широкого спектра как на уроке, так и во внеурочное время. 

Воспитание высоконравственной личности, в первую очередь, осуществляется через воспитательный потенциал Интегрированной образовательной программы и учебных предметов. В Интегрированной образовательной программе усилена воспитательная составляющая на основе принципа целостного образовательного процесса: воспитывать в доброжелательной, благоприятной для обучения, поддерживающей среде. 

Учитель в долгосрочном, среднесрочном, краткосрочном учебных планах, строит обучение через образовательные цели обучения, формируя ценности соответственно ожидаемым результатам обучения. 

Следующей особенностью воспитательной работы в Интеллектуальных школах является  расширение знаний и умений учащихся в различных направлениях через дополнительное образование и внеурочную деятельность учащихся. Для творческого, физического и интеллектуального развития учащимся предлагаются кружки и занятия по интересам (спортивные, художественные, интеллектуальные, технические). Кроме того, предусмотрен ряд внешкольных и элективных курсов в стране и за рубежом на базе лучших образовательных, научно-исследовательских организаций естественно-математического направления. Особое значение в реализации воспитательной работы Интеллектуальных школ имеют социальные проекты и практики. 

Вовлеченность всех сотрудников Интеллектуальной школы в учебно-воспитательный процесс, сотрудничество школы с родителями являются главным условием успешной воспитательной работы. Учащиеся реализуют свое разносторонне развитие и  творческий потенциал через  школьное сообщество «Шаңырақ», краеведческо-исследовательские экспедиции «Туған елге тағзым», «100 книг, рекомендованных для прочтения учащимся Интеллектуальных школ», «Қазақ әндері», клуб «TEDx NIS»  клуб «Wikipedia», «Умный четверг»,  «2 апта ауылда», «10 дней на предприятии родителей»,  «100 күйдің тарихы», проекты «Ұлы дала ақындары», «Менің өмірімдегі қолданылатын мақал-мәтелдер», «Ұрпақтар сабақтастығы», «Служение обществу» “Возьми ребенка на работу” и др.